當(dāng)你寫了一個處理數(shù)據(jù)的軟件,它可能在小樣本文件上運行地很好,但一旦加載大量真實數(shù)據(jù)后,這個軟件就會崩潰。
問題在于你沒有足夠的內(nèi)存——如果你有 16GB 的 RAM ,你就無法一次載入 100GB 大小的文件。載入這么大的文件時,操作系統(tǒng)在某個時刻就會耗盡內(nèi)存,不能分配存儲單元,你的程序也就會崩潰。
所以,你該怎樣防止這類情況發(fā)生?你可以啟動一個大數(shù)據(jù)集群——你所需要做的是:
搞到一個計算機集群。
花一周時間搭建這個集群。
大部分情況下,你需要學(xué)習(xí)一套全新的 API,重寫你所有的代碼。
這個代價可能很昂貴,會令人沮喪;幸運的是,大部分情況下,我們不必這樣做。
你需要一個簡單而容易的解決方案:在單機上處理你的數(shù)據(jù),最小化環(huán)境搭建開銷,盡可能利用你正在使用的代碼庫。實際上,大部分情況你都可以做到這樣,只要使用一些方法即可,有時候這些方法被稱為“核外計算”(out-of-core computation)。
本文將介紹如下內(nèi)容:
你究竟為什么需要 RAM。
處理無法放入內(nèi)存的數(shù)據(jù)最簡單的方法:花些錢。
處理大量數(shù)據(jù)的三種基本軟件方法:壓縮、分塊、索引。
之后的文章將會展示如何把這些方法應(yīng)用到諸如 NumPy 和 Pandas 這樣的庫中。
1你究竟為什么需要 RAM?
在我們開始解釋解決方案前,我們要弄清楚該問題是如何產(chǎn)生的。我們的計算機內(nèi)存(RAM)能讓你讀寫數(shù)據(jù),但是你的硬盤也可以讀寫數(shù)據(jù)——那為什么計算機還需要 RAM 呢?硬盤比 RAM 更便宜,所以它通常大到能夠容納下你的所有數(shù)據(jù),那為什么你的代碼不能直接從硬盤讀寫數(shù)據(jù)呢?
理論上講,這也行得通的。但是,即使是最現(xiàn)代化且速度很快的 SSD 硬盤也比 RAM 慢太多:
從 SSD 上讀取數(shù)據(jù): 大約 1.6 萬納秒
從 RAM 上讀取數(shù)據(jù): 大于 100 納秒
如果你想要實現(xiàn)快速計算,數(shù)據(jù)就只能放在 RAM 中,否則你的代碼運行時就會慢上 150 倍。
2資金方面的解決方案:購買更多的 RAM
沒有足夠 RAM 時的最簡單解決方案就是花錢來解決。你要么購買一臺計算機,或者租一臺云端的虛擬機(VM:Virtual Machine,這會比大多數(shù)筆記本電腦貴得多)。2019 年 11 月,我稍微調(diào)研了一下,在價格方面做了一些比較,發(fā)現(xiàn)你可以這樣:
購買 一臺 Thinkpad M720 Tower,它有 6 個核和 64GB RAM,價格是 1074 美金。
租用 一臺云端的 VM,它有 64 個核和 432GB RAM,價格是每小時 3.62 美金。
這只是我稍微調(diào)研后發(fā)現(xiàn)的數(shù)字,再繼續(xù)調(diào)研下去,你會發(fā)現(xiàn)更好的方案。
如果花錢購買硬件可以把你的數(shù)據(jù)讀入 RAM,這通常就會是一個最經(jīng)濟的解決方案:畢竟你的時間相當(dāng)寶貴。但是,有時候,這還不夠解決這個問題。
例如,如果你要運行許多數(shù)據(jù)處理任務(wù),在一段時期內(nèi),云計算可能是一個自然能想到的解決方案,但也是一個昂貴的解決方案。曾經(jīng)在一個工作中,我的軟件項目需要的計算開銷幾乎快用完了我們產(chǎn)品所有的預(yù)期收入,包括支付我薪水所需的至關(guān)重要的那部分收入。
如果購買 / 租用更多的 RAM 不足以滿足需求或者根本行不通時,下一步就應(yīng)該考慮如何通過修改軟件來減少內(nèi)存使用了。
3技巧 #1:壓縮
壓縮意味著用一種不同的表達(dá)形式表示你的數(shù)據(jù),這種形式能占用更少內(nèi)存。有兩種方式來壓縮:
無損壓縮: 存儲的數(shù)據(jù)包含的信息和原始數(shù)據(jù)包含的信息完全相同。
有損壓縮: 存儲的數(shù)據(jù)丟失了一些原始數(shù)據(jù)里的細(xì)節(jié)信息,但是這種信息丟失理想情況下不會對計算結(jié)果造成什么影響。
我想說明的是,我不是在談?wù)撌褂?ZIP 或者 gzip 工具來壓縮文件,因為這些工具通常是對硬盤上的文件進行壓縮的。為了處理 ZIP 壓縮過的文件,你通常需要把這個文件載入內(nèi)存中再進行解壓縮為原始文件大小,所以這其實對內(nèi)存節(jié)省沒有什么幫助。
你需要的是內(nèi)存中的數(shù)據(jù)壓縮表示形式。
例如,比如說你的數(shù)據(jù)有兩個值,一共也只會有兩個值:“AVAILABLE”(代表可能取到的值)和“UNAVAILABLE”(代表不可能取到的值)。我們可以不必將其存為 10 個或更多字節(jié)的字符串,你可以將其存為一個布爾值,用 True 或者 False 表示,這樣你就可以只用 1 個字節(jié)來表示了。你甚至可以繼續(xù)壓縮至 1 位來表示布爾值,這樣就繼續(xù)壓縮到了 1 個字節(jié)時的 1/8 大小。
4技巧 #2:分塊,每次只加載所有數(shù)據(jù)里的某一塊
當(dāng)你需要處理所有數(shù)據(jù),而又無需把所有數(shù)據(jù)同時載入內(nèi)存時,分塊是很有用的。你可以把數(shù)據(jù)按塊載入內(nèi)存,每次計算一塊的數(shù)據(jù)(或者正如我們要在今后一篇文章里想討論的,可以多塊并行處理)。
例如,比如說,你想搜索一本書里的最長單詞。你可以一次性將所有數(shù)據(jù)載入內(nèi)存:
largest_word = “” for word in book.get_text.split: if len(word) 》 len(largest_word):largest_word = word
但是在我們的例子中,這本書太大而不能完全載入內(nèi)存,這時候你就可以一頁一頁地載入這本書。
largest_word = “” for page in book.iterpages: for word in page.get_text.split: if len(word) 》 len(largest_word): largest_word = word
這樣你使用的內(nèi)存就大大減少了,因為你一次只需要把這本書的一頁載入內(nèi)存,而最后得到的結(jié)果仍然是正確的。
5技巧 #3:當(dāng)你需要數(shù)據(jù)的一個子集時,索引會很有用
當(dāng)你需要數(shù)據(jù)的一個子集時,索引會很有用,使用索引你可以在不同時刻加載數(shù)據(jù)的不同子集。
你也可以用分塊解決這個問題:每次加載所有的數(shù)據(jù),過濾掉你不想要的數(shù)據(jù)。但這會很慢,因為你加載了很多不相關(guān)的數(shù)據(jù)。
如果你只需要部分?jǐn)?shù)據(jù),不要使用分塊,最好使用索引,它可以告訴你到哪里能找出你關(guān)心的那部分?jǐn)?shù)據(jù)。
想象一下,你只想閱讀書本中關(guān)于土豚的章節(jié)。如果你運用分塊技術(shù),你得載入整本書,一頁一頁的載入,每頁地搜尋土豚——但這要花很長時間才能完成。
或者說,你可以直接閱讀這本書的末尾部分,也就是書本的索引部分,然后找到“土豚”的索引項。它可能會告訴你在第 7、19 頁以及 120-123 頁可以讀到相關(guān)內(nèi)容。所以,現(xiàn)在你可以只讀那幾頁,這樣就快多了。
這樣很有效,因為索引比整本書占用的空間要小很多,所以把索引載入內(nèi)存找出相關(guān)內(nèi)容所在就會更容易。
6最簡單的索引技巧
最簡單也最常用的實現(xiàn)索引的方法就是在目錄里給文件恰當(dāng)命名:
mydata/ 2019-Jan.csv 2019-Feb.csv 2019-Mar.csv 2019-Apr.csv 。..
如果你想要 2019 年 3 月數(shù)據(jù),你就只需要加載 2019-Mar.csv 這個文件——而不用加載 2 月、7 月或者其他任何月份的數(shù)據(jù)。
7下一步:應(yīng)用這些技巧
RAM 不夠用,最簡單的解決方法就是花錢買更多的 RAM。但是,如果這個方案無法實現(xiàn)或者仍然不夠用時,你就需要使用壓縮、分塊或者索引來解決。
這些方法也出現(xiàn)在其他許多不同的軟件包和工具中。即使是大數(shù)據(jù)系統(tǒng)也是建立在這些方法之上的:例如使用多個計算機來處理分塊數(shù)據(jù)。
在接下來的文章里,我會給你展示如何使用具體的庫和工具(NumPy、Pandas,或者用 ZIP 工具壓縮文件)來應(yīng)用這些方法。如果在我寫完這些文章時,你就想閱讀到它們,請在下方表格里注冊我的通訊簡報(newsletter)。
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