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飛槳開源全流程3D醫療分割開發工具MedicalSeg

OpenCV學堂 ? 來源:OpenCV學堂 ? 作者:OpenCV學堂 ? 2022-04-28 09:46 ? 次閱讀

醫學影像是臨床疾病診斷的重要方式,高效精準的從影像中識別出器官結構或病變,是醫學影像學中重要的課題。根據成像原理,醫療影像可以粗略分為兩類:

1.2D成像:一種在可見光下獲取的RGB彩照,如眼底彩照、皮膚彩照等

2.3D成像:借助非可見光或其它物理效應,由計算機輔助成像,如CXR/DR(X-Ray),CT,核磁共振(MRI)等。如CT與MRI數據是多個2D切片沿第三個空間維度堆疊而成的。

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圖1 各類醫學影像

其中,3D影像能夠更直觀輔助醫生提升診斷效率。但醫療影像的讀片工作對專業知識要求高,這樣繁重且重復性較高的閱片工作,僅能由專業的影像科醫生完成。另一方面,醫療影像在醫學檢查中愈發常見,對閱片專家的需求也在增加。隨著深度學習技術的發展,我們看到了使用AI技術輔助醫生快速分析閱片、減輕閱片工作負擔的可能性。

為了更好地使用前沿AI技術輔助醫生快速閱片分析、幫助患者更快地獲得影像檢查結果,百度飛槳PaddleSeg產研團隊聯合百度智慧醫療部影像團隊、廣州第一人民醫院南沙醫院放射科及其他社區開發者基于PaddleSeg開發了全流程 3D 醫學圖像分割工具MedicalSeg。

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圖2 MedicalSeg醫療影像分割工具介紹

MedicalSeg以模塊化的形式,提供了從數據處理、模型訓練、可視化驗證到部署的全流程。提供了高精度的VNet、UNet模型,支持7種不同格式的 3D數據讀取,6種3D數據變換、12類器官數據預處理,方便醫療從業者快速構建醫療識別模型,高效進行圖像識別。 在這里給大家獻上鏈接,歡迎大家體驗?。ㄓ浀肧tar收藏跟進最新狀態) 傳送門:https://github.com/PaddlePaddle/PaddleSeg/tree/release/2.5/contrib/MedicalSeg

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那么MedicalSeg3D具備哪些優點呢?在這里一一為大家展開。

全流程覆蓋、極簡開發

為了更方便的簡化流程,首先,通過一鍵數據預處理,確認數據的正確性,隨后開始訓練和評估,過程中隨時可以查看預測結果的3D可視化,獲得滿足精度的模型之后,我們對其進行導出和部署,從而獲取更快的推理速度為應用服務。

完整的流程圖如圖所示:

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圖3 MedicalSeg可視化功能展示

模型豐富、先進高效

MedicalSeg涵蓋了主流的UNet、VNet等3D分割模型,其中VNet在COVID-19 CT scans數據集中,在 COVID-19 CT scans 中達到了 97.04% 的 平均Dice 系數,實現的效果超越業界認可的medical zoo的精度。

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產業實用、極致推理優化

MedicalSeg使用 CuPy 在數據預處理中添加 GPU 加速。與 CPU 上的預處理數據相比,加速使我們在數據預處理中使用的時間減少了大約 40%。下面顯示了加速前后,我們花在處理 COVID-19 CT scans 數據集預處理上的時間。

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審核編輯 :李倩

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原文標題:醫療影像從業者的福音,飛槳開源全流程3D醫療分割開發工具MedicalSeg

文章出處:【微信號:CVSCHOOL,微信公眾號:OpenCV學堂】歡迎添加關注!文章轉載請注明出處。

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