FPGA編程與單片機編程的主要區別體現在以下幾個方面：

本質區別：FPGA編程更偏向于硬件電路，是通過硬件描述語言在FPGA芯片上自定義集成電路的過程；而單片機編程則更偏向于軟件，通過軟件編程語言描述軟件指令在硬件芯片上的執行。簡單來說，FPGA更關注于硬件的定制和配置，而單片機則側重于軟件的開發和實現。

運行方式和速度：由于FPGA是硬件電路，其運行速度直接取決于晶振速度，系統穩定，特別適合高速接口電路。而單片機由于其單線程特性，即使是常用的M3系列流水線也是單線程執行的，因此程序語句需要等待單片機周期才能執行。

應用差異：單片機由于其結構和功能特點，一般應用于控制流水線和日常電子設備等領域。而FPGA由于其復雜的結構和強大的功能，一般被應用于通信領域等前沿場景，特別是那些需要邏輯單元并行執行的任務。

入門難易程度：從入門的角度來看，單片機通常被認為比FPGA更簡單些，價格也相對較低。這主要是因為單片機的編程和設計過程相對直觀，且其應用領域廣泛，有大量的資源和教程可供參考。而FPGA的編程和設計則需要深入理解硬件描述語言和數字電路知識，門檻相對較高。

綜上所述，FPGA編程與單片機編程在本質、運行方式、應用以及入門難度等方面都存在顯著的區別。選擇哪種編程方式取決于具體的應用需求、性能要求以及開發者的技能水平。