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PCIE 3.0相對于它的前一代PCIE 2.0的最主要的一個區別是速率由5GT/s提升到了8GT/s。為了保證數據傳輸密度和直流平衡以及時鐘恢復，PCIE 2.0中使用了8B/10B編碼，即將每8位有效數據編碼為10位數據進行傳輸，這樣鏈路中將會有20%信息量是無效的，即使得鏈路的最大傳輸容量打了20%的折扣。而速率提升的目的是為了更快的傳輸數據，編碼方式也不可或缺，因此在PCIE 3.0中還通過使用128B/130B的編碼方式（無效信息量減低為1.5625%），同時使用加擾的方式（即數據流先和一個多項式異或得到一個更加隨機性的數據，到接收端使用同樣的多項式將其恢復出來）來實現數據傳輸密度和直流平衡以及時鐘恢復的實現。
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