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對于性能要求極高的應用，可將復雜算法劃分成底層部分和高層部分， 結合DSP和FPGA各自的結構和功能特點，將算法的各個部分映射到不同的硬件模塊上，在系統功能上實現互補。
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底層部分用于數據處理量大，速度要求高，但是運算結構相對比較簡單 的算法，適于用FPGA硬件的高度并行性實現，可同時兼顧速度及靈活性。例如，一定長度的FFT/IFFT、脈沖壓縮、脈沖積累、FIR濾波以及矩陣轉置等算法，都可以用FPGA實現。
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高層部分處理的特點是所處理的數據量較低層部分少，但算法的控制結 構復雜，適于用運算速度高、尋址方式靈活、通信機制強大的DSP芯片來實現。
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“FPGA+DSP” 結構是目前高性能處理系統的主流方式。這種結構非常靈活，有較強的通用性。
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