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使用 PICkit 3 在線調試器 / 編程器系統作為調試器有兩個步驟。第一步需要將應用程序燒寫到目標器件 （通常使用 PICkit 3 自身）。第二步使用目標閃存器件的內部在線調試硬件來運行和測試應用程序。這兩步與 MPLAB X IDE 操作直接相關： 1. 將代碼燒寫到目標器件并激活具體的調試功能 （詳細信息請參見下一節）。 2. 使用調試器設置斷點并運行。如果目標器件不能被正確編程，那么 PICkit 3 在線調試器 / 編程器將無法進行調試。圖 2-6 顯示了編程所要求的基本電路互連。注意這與圖 2-4 相同，為清楚起見，不顯示調試器的 VDD 和 VSS 線。
上圖顯示了 PICkit 3 在線調試器 / 編程器的一些內部接口電路的簡化框圖。編程時，目標器件不需要時鐘，但必須為其提供電源。編程時，調試器在 VPP/MCLR 上施加編程電壓，通過 PGC 發送時鐘脈沖并通過 PGD 發送串行數據。要校驗器件是否已被正確編程，可以向 PGC 發送時鐘，并通過 PGD 讀回數據，這符合開發階段所使用器件的 ICSP 協議。
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