Virtex-4、Virtex-5和Spartan-3系列器件增加和修改了一些與配置有關的專用引腳，這些專用引腳如下。

　　（1）VCCAUX輔助電源：在Virtex-4、Virtex-5、Spartan-3及Spartan-3E器件中，Vccaux為2.5 V；在Spartan-3A及Spartan-3ADSP中，Vccaux可以是2.5 V或是3.3 V；在Spartan-3AN中，Vccaux是3.3 Y。

　　（2）專用控制信號HSWAP EN腳：當HSWAP EN為低時，在配置期間所有用戶輸入／輸出（I/0）腳將被上拉（Pull-Up）。默認值為高（內部上拉），即配置期間關閉用戶I/O腳的內部上拉功能。

　　（3）配置時鐘（CCLK）引腳：CCLK引腳根據配置模式的不同，既可以是輸入，也可以是輸出。

　　（4）配置完成狀態輸出（DONE）：當DONE為高時，表示成功完成配置；否則為配置失敗。DONE引腳通常需要外部上拉電阻，上拉電阻的大小與所需的驅動電流有關，一股情況下為330Ω。

　　（5）允許配置或配置復位（PROG_B）信號：低電平有效，即當將該引腳拉低后，將復位內部的配置寄存器；當恢復高電平時，開始配置，直到DONE為高結束配置。

　　（6）模式控制引腳MO、M1及M2：決定FPGA的配置模式。

　　（7）邊界掃描模式信號引腳：包括數據輸入腳（TDI）、數據輸出（TDO）、狀態和控制（TMS），以及JTAG方式配置時鐘（TCK）。

　　這些專用配置和邊界掃描引腳在Virtex-4和Vitex-5的器件中由VCC00供電，在Spartan-3中用VCCAUX輔助電源為這些信號腳提供電源，所以這些配置引腳的上拉應該對應拉到對應的VCCO0和VCCAUX。這些專用配置引腳只能用于器件的配置，不能用于其他目的。