面向壓縮生物基因數(shù)據(jù)的查詢方法
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隨著下一代、第三代等測序技術(shù)的快速發(fā)展，DNA等生物序列數(shù)據(jù)快速增長．如何高效地處理這些大數(shù)據(jù)是目前所面臨的一個挑戰(zhàn)．研究發(fā)現(xiàn)，這些生物序列數(shù)據(jù)盡管很大，但是不同數(shù)據(jù)之間具有很高的相似性．因此可以通過保存這些基因串同一個基準序列之間的差異來減少存儲的代價．最新的研究發(fā)現(xiàn)，可以在這些壓縮的數(shù)據(jù)上直接進行查詢，而不需要解壓縮．研究的目標是進一步提高索引和查詢的可伸縮性，從而滿足日益增長的大數(shù)據(jù)需要．首先在現(xiàn)有方法的基礎(chǔ)上，對基準序列進行了壓縮存儲，基于該壓縮數(shù)據(jù)，提出了一系列優(yōu)化查詢方法以高效地支持任意長度序列的精確和近似查詢．在此基礎(chǔ)上，進一步對原有方法進行改進，利用并行計算來提高對大數(shù)據(jù)的查詢效率．最后，實驗研究展示了所提方法的高效性．
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