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存儲(chǔ)系統(tǒng)中的算法:LSM樹(shù)設(shè)計(jì)原理

算法與數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) ? 來(lái)源:labuladong ? 作者:labuladong ? 2022-11-03 11:32 ? 次閱讀
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我在上篇文章Apache Pulsar 的架構(gòu)設(shè)計(jì)中介紹了 Pulsar 存算分離的架構(gòu),其中 broker 只負(fù)責(zé)計(jì)算,由 BookKeeper 負(fù)責(zé)底層的存儲(chǔ),我還畫了這樣一張圖說(shuō)明 BookKeeper 讀寫分離的設(shè)計(jì):

dbf23274-5b27-11ed-a3b6-dac502259ad0.jpg

但是再深究下去,memtable具體是以怎樣的格式持久化到磁盤上的呢?又是用什么算法高效查找一條消息的呢?

通過(guò)學(xué)習(xí)相關(guān)資料,我發(fā)現(xiàn) Apache BookKeeper 底層存儲(chǔ)引擎用的是 Facebook 開(kāi)源的 RocksDB,而 RocksDB 又是基于 Google 開(kāi)源的 LevelDB 改造的,而 LevelDB 的核心是一個(gè)叫做 LSM 樹(shù)(Log Structured Merge Tree)的結(jié)構(gòu)。

LevelDB 整個(gè)庫(kù)的代碼只有幾百 KB,所以我去研究了 LSM 樹(shù)的代碼實(shí)現(xiàn),總結(jié)了這篇文章,帶你了解 LSM 樹(shù)的設(shè)計(jì)原理。

什么是 LSM 樹(shù)呢?如果說(shuō)到 B+ 樹(shù)大家應(yīng)該不陌生,像 MySQL 這樣的關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù)底層一般用 B+ 樹(shù)結(jié)構(gòu)來(lái)存儲(chǔ)數(shù)據(jù)。LSM 樹(shù)其實(shí)就是另一種存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu),常見(jiàn)于日志存儲(chǔ)系統(tǒng)中。

首先,我們先來(lái)聊聊存儲(chǔ)系統(tǒng)。

內(nèi)存數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) vs 磁盤數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)

正如前文學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)和算法的框架思維所說(shuō),一切數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)從根本上講都是增刪查改,但在具體實(shí)現(xiàn)上,磁盤數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)和內(nèi)存數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)會(huì)有比較大的差異。

內(nèi)存數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)你直接 new 一個(gè)出來(lái)就行了,不用關(guān)心這個(gè)結(jié)構(gòu)在內(nèi)存中是如何布局的,這些都由操作系統(tǒng)編程語(yǔ)言代勞了。

但磁盤就不一樣,考慮到磁盤讀取的操作效率相對(duì)比較低,且每次只能讀取固定大小的磁盤數(shù)據(jù),你要自己設(shè)計(jì)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)布局,規(guī)定每個(gè)字節(jié)存什么信息,然后基于你設(shè)計(jì)的存儲(chǔ)布局實(shí)現(xiàn)增刪查改的 API,比較枯燥瑣碎。

比如說(shuō),學(xué)過(guò) MySQL 的話應(yīng)該比較熟悉 B+ 樹(shù)結(jié)構(gòu),但你肯定不容易看懂 B+ 樹(shù)的代碼。因?yàn)?B+ 樹(shù)是磁盤數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),雖然原理上可以理解為 BST 的加強(qiáng)版,但考慮到數(shù)據(jù)文件格式的設(shè)計(jì),真正的代碼實(shí)現(xiàn)非常復(fù)雜。

所以一般來(lái)說(shuō),我們了解磁盤數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的原理,了解各個(gè)操作的時(shí)間復(fù)雜度就可以了,沒(méi)必要特別糾結(jié)它的具體實(shí)現(xiàn)。

數(shù)據(jù)可變 vs 數(shù)據(jù)不可變

存儲(chǔ)結(jié)構(gòu)可以粗略分為兩類:數(shù)據(jù)可變的和數(shù)據(jù)不可變的。所謂可變,就是說(shuō)已經(jīng)插入的數(shù)據(jù)還可以原地進(jìn)行修改,不可變就是說(shuō)已經(jīng)插入的數(shù)據(jù)就不能再修改了。

B 樹(shù)是數(shù)據(jù)可變的代表結(jié)構(gòu)(B+ 樹(shù)等衍生結(jié)構(gòu)都?xì)w為 B 樹(shù)一族)。你就想想 BST 吧,數(shù)據(jù)存在節(jié)點(diǎn)上,我們可以隨意插入、刪除、修改 BST 中的節(jié)點(diǎn)。

B 樹(shù)的理論增刪查改性能和 BST 一樣都是 logN,但 B 樹(shù)的實(shí)際寫入效率并不是特別高:

一方面是因?yàn)?B 樹(shù)需要分裂合并等操作保證整棵樹(shù)的平衡性,這里面涉及很多磁盤隨機(jī)讀寫的操作,性能會(huì)比較差;另一方面考慮到并發(fā)場(chǎng)景,修改 B 樹(shù)結(jié)構(gòu)時(shí)需要比較復(fù)雜的鎖機(jī)制保證并發(fā)安全,也會(huì)一定程度影響效率。

綜上,B 樹(shù)的難點(diǎn)在于平衡性維護(hù)和并發(fā)控制,一般用在讀多寫少的場(chǎng)景。

LSM 樹(shù)是數(shù)據(jù)不可變的代表結(jié)構(gòu)。你只能在尾部追加新數(shù)據(jù),不能修改之前已經(jīng)插入的數(shù)據(jù)。

如果不能修改以前的數(shù)據(jù),是不是就不能提供刪、查、改的操作 API 呢?其實(shí)是可以的。

我們只需要提供set(key, val)和get(key)兩個(gè) API 即可。查詢操作靠get(key),增刪改操作都可以由set(key, val)實(shí)現(xiàn):

如果set的key不存在就是新增鍵值對(duì),如果已經(jīng)存在,就是更新鍵值對(duì);如果把val設(shè)置為一個(gè)特殊值(比如 null)就可以代表key被刪掉了(墓碑機(jī)制)。

那么我對(duì)某個(gè)鍵key做了一系列操作后,我只要找到最近一次的操作,就能知道這個(gè)鍵當(dāng)前的值是多少了。

從磁盤的角度來(lái)說(shuō),在尾部追加的寫入效率非常高,因?yàn)椴恍枰?B 樹(shù)那樣維護(hù)復(fù)雜的樹(shù)形結(jié)構(gòu)嘛。但代價(jià)就是,查找效率肯定比較低,因?yàn)橹荒芡ㄟ^(guò)線性遍歷去查找操作記錄。

后面我會(huì)講講真正的 LSM 樹(shù)如何針對(duì)讀場(chǎng)景進(jìn)行優(yōu)化,但再怎么優(yōu)化,肯定也達(dá)不到 B 樹(shù)的讀取效率。

同時(shí),LSM 樹(shù)還有一個(gè)明顯弊端就是存在空間放大。在 B 樹(shù)中一個(gè)鍵值對(duì)就占用一個(gè)節(jié)點(diǎn),我更新這個(gè)鍵 100 次,它還是只占用一個(gè)節(jié)點(diǎn)。但在 LSM 樹(shù)中,如果我更新一個(gè)鍵 100 次,就相當(dāng)于寫入了 100 條數(shù)據(jù),會(huì)消耗更多空間。

后面會(huì)講到,這個(gè)問(wèn)題的解決方案是壓實(shí)(compact),把操作序列中失效的歷史操作消除掉,只保留最近的操作記錄。

綜上,LSM 樹(shù)的難點(diǎn)在于 compact 操作和讀取數(shù)據(jù)時(shí)的效率優(yōu)化,一般用在寫多讀少的場(chǎng)景。

有序 vs 無(wú)序

可以說(shuō),存儲(chǔ)結(jié)構(gòu)的有序程度直接決定了該類結(jié)構(gòu)的讀寫性能上限。有序度越高,讀性能越強(qiáng),但相應(yīng)的,維護(hù)有序性的成本也越高,寫入性能也就會(huì)越差。

你看 B 樹(shù),作為 BST 的加強(qiáng)版,實(shí)際上是維護(hù)了所有數(shù)據(jù)的有序性,讀取性能必然起飛,但寫入性能你也別抱太大希望。

LSM 樹(shù)不可能向 B 樹(shù)那樣維護(hù)所有數(shù)據(jù)的有序性,但可以維護(hù)局部數(shù)據(jù)的有序性,從而一定程度提升讀性能。

LSM 樹(shù)的設(shè)計(jì)

就我的理解,LSM 樹(shù)其實(shí)不是一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),而是一種存儲(chǔ)方案。這里面涉及三個(gè)重要的數(shù)據(jù)組件:memtable,log,SSTable,正如我在Apache Pulsar 的架構(gòu)設(shè)計(jì)中畫的這幅圖:

dbf23274-5b27-11ed-a3b6-dac502259ad0.jpg

其中Journal就是log,Entry Log就是若干SSTable的集合,叫法不同罷了。

memtable是紅黑樹(shù)或者跳表這樣的有序內(nèi)存數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),起到緩存和排序的作用,把新寫入的數(shù)據(jù)按照鍵的大小進(jìn)行排序。當(dāng)memtable到達(dá)一定大小之后,會(huì)被轉(zhuǎn)化成SSTable格式刷入磁盤持久化存儲(chǔ)。

SSTable(Sorted String Table)說(shuō)白了就是一個(gè)特殊格式的文件,其中的數(shù)據(jù)按照鍵的大小排列,你可以把它類比成一個(gè)有序數(shù)組。而 LSM 樹(shù),說(shuō)白了就是若干SSTable的集合。

log文件記錄操作日志,在數(shù)據(jù)寫入memtable的同時(shí)也會(huì)刷盤寫入到log文件,作用是數(shù)據(jù)恢復(fù)。比如在memtable中的數(shù)據(jù)還沒(méi)轉(zhuǎn)化成SSTable持久化到磁盤時(shí),如果突然斷電,那么memtable里面的數(shù)據(jù)都會(huì)丟失,但有l(wèi)og文件在,就可以恢復(fù)這些數(shù)據(jù)。當(dāng)然,等memtable中的數(shù)據(jù)成功轉(zhuǎn)化成SSTable落盤之后,log文件中對(duì)應(yīng)的操作日志就沒(méi)必要存在了,可以被刪除。

LSM 樹(shù)的set寫入過(guò)程并不復(fù)雜:寫入log和memtable,最后轉(zhuǎn)化成一個(gè)SSTable持久化到磁盤就行了。

最關(guān)鍵的應(yīng)該是讀取和 compact 的過(guò)程:SSTable要如何組織,才能快速get到一個(gè)key對(duì)應(yīng)的val呢?如何定期對(duì)所有 SSTable 做 compact 瘦身呢?

其實(shí)有多種方案,其中比較常用的方案是按照層級(jí)組織SSTable:

dc11891c-5b27-11ed-a3b6-dac502259ad0.png

https://github.com/facebook/rocksdb/wiki/Leveled-Compaction

圖中每個(gè)綠色方塊代表一個(gè)SSTable,若干個(gè)SSTable構(gòu)成一層,總共有若干層,每層能夠容納的SSTable數(shù)量上限依次遞增。

新刷入的SSTable在第 0 層,如果某一層的SSTable個(gè)數(shù)超過(guò)上限,則會(huì)觸發(fā) compact 操作,從該層選出若干SSTable合并成一個(gè)更大的SSTable,移動(dòng)下一層:

dc1edfa4-5b27-11ed-a3b6-dac502259ad0.png

https://github.com/facebook/rocksdb/wiki/Leveled-Compaction

每個(gè)SSTable就好比一個(gè)有序數(shù)組/鏈表,多個(gè)SSTable的合并就是前文鏈表雙指針技巧匯總中合并多個(gè)有序鏈表的邏輯。

這樣,越靠上層的數(shù)據(jù)越新,越靠下層的數(shù)據(jù)越舊,且算法保證同一層的若干SSTable的key不存在重疊:

dc2c1782-5b27-11ed-a3b6-dac502259ad0.png

https://github.com/facebook/rocksdb/wiki/Leveled-Compaction

那么假設(shè)給一個(gè)目標(biāo)鍵key27,我們只需要從上到下遍歷層,并在每一層中使用二分查找算法找到鍵區(qū)間包含key27的SSTable,然后用布隆過(guò)濾器快速判斷一下key27是否不存在這個(gè)SSTable中。如果可能存在,由于SSTable中的鍵也是有序的,可以再次運(yùn)用二分查找算法在SSTable中找到鍵對(duì)應(yīng)的值。

這樣,借助 LSM 樹(shù)的層級(jí)結(jié)構(gòu)和SSTable的有序性,就能利用二分搜索提升查找效率,避免線性查找鍵值對(duì)。

以上就是本文的全部?jī)?nèi)容,LSM 樹(shù)的設(shè)計(jì)思路比較易于理解,但實(shí)現(xiàn)起來(lái)還有不少細(xì)節(jié),如果你對(duì)具體實(shí)現(xiàn)感興趣,我可以推薦一些學(xué)習(xí)資料

LevelDB 的代碼倉(cāng)庫(kù):

https://github.com/google/leveldb/issues

RocksDB 的 wiki:

https://github.com/facebook/rocksdb/wiki

審核編輯 :李倩

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原文標(biāo)題:存儲(chǔ)系統(tǒng)中的算法:LSM 樹(shù)設(shè)計(jì)原理

文章出處:【微信號(hào):TheAlgorithm,微信公眾號(hào):算法與數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處。

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    計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)系統(tǒng)是計(jì)算機(jī)中用于存放程序和數(shù)據(jù)的設(shè)備或部件的集合,它構(gòu)成了計(jì)算機(jī)信息處理的基礎(chǔ)。一個(gè)完整的計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)系統(tǒng)通常包括多個(gè)層次的存儲(chǔ)器,從高速緩存(Cache)到主存儲(chǔ)器(Mai
    的頭像 發(fā)表于 09-26 15:25 ?2538次閱讀

    基于分布式存儲(chǔ)系統(tǒng)醫(yī)療影像數(shù)據(jù)存儲(chǔ)解決方案

    基于分布式存儲(chǔ)系統(tǒng)醫(yī)療影像數(shù)據(jù)存儲(chǔ)解決方案
    的頭像 發(fā)表于 09-14 09:53 ?690次閱讀
    基于分布式<b class='flag-5'>存儲(chǔ)系統(tǒng)</b>醫(yī)療影像數(shù)據(jù)<b class='flag-5'>存儲(chǔ)</b>解決方案

    基于CSS融合存儲(chǔ)系統(tǒng)的自動(dòng)化制造服務(wù)平臺(tái)存儲(chǔ)解決方案

    基于CSS融合存儲(chǔ)系統(tǒng)的自動(dòng)化制造服務(wù)平臺(tái)存儲(chǔ)解決方案
    的頭像 發(fā)表于 09-10 10:15 ?611次閱讀
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