隨著全球傳染病的流行,核酸檢測(cè)技術(shù)如聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)和等溫?cái)U(kuò)增在各種疾病的快速診斷中發(fā)揮了重要作用。
通常情況下,樣品需要通過冷鏈運(yùn)輸?shù)脚鋫淞己玫尼t(yī)院或檢測(cè)中心進(jìn)行檢測(cè)。傳統(tǒng)的檢測(cè)過程高度依賴專業(yè)技術(shù)人員進(jìn)行人工操作,從樣品到結(jié)果的整個(gè)過程耗時(shí)較長(zhǎng),無法滿足快速現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)的需求,特別是在資源有限的地區(qū)。此外,樣品的運(yùn)輸不僅增加了成本,在儲(chǔ)存和運(yùn)輸條件不當(dāng)?shù)那闆r下還可能導(dǎo)致樣本失效,造成假陰性結(jié)果。因此,開發(fā)快速、簡(jiǎn)單、低成本的現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)平臺(tái)具有重要意義。
近日,北京師范大學(xué)-香港浸會(huì)大學(xué)聯(lián)合國(guó)際學(xué)院(UIC)雷波教授團(tuán)隊(duì)、暨南大學(xué)董鋮副教授與珠海市迪奇孚瑞生物科技有限公司合作開發(fā)了一種基于數(shù)字微流控(DMF)技術(shù)和環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)顯色反應(yīng)的可視化檢測(cè)平臺(tái)。
該平臺(tái)包含多個(gè)反應(yīng)單元,可同時(shí)檢測(cè)多個(gè)樣本中的多個(gè)靶標(biāo)基因,大大提高了檢測(cè)效率。此外,利用DMF強(qiáng)大的液滴操控能力,實(shí)現(xiàn)了自動(dòng)化終點(diǎn)檢測(cè),避免了傳統(tǒng)終點(diǎn)檢測(cè)方法中由于開蓋等人工操作引起的污染問題。該研究通過將高濃度的干燥染料應(yīng)用于LAMP的顯色檢測(cè),大大提高了小體積反應(yīng)液滴(5 μl)的顯色程度,使得反應(yīng)結(jié)果無需特定的光源條件,在環(huán)境光照下即可進(jìn)行肉眼判讀。
圖1 用DMF-LAMP方法進(jìn)行對(duì)蝦疾病診斷:(a)樣品制備;(b)芯片上操作和LAMP反應(yīng);(c)DMF芯片的側(cè)視圖和控制系統(tǒng)的方塊圖;(d)中性紅的分子結(jié)構(gòu)以及由陽(yáng)性LAMP擴(kuò)增引起的顏色轉(zhuǎn)變;(e)從樣品到結(jié)果的整個(gè)過程的時(shí)間軸
該平臺(tái)可以應(yīng)用于水產(chǎn)病害檢測(cè),快速、準(zhǔn)確地檢測(cè)出對(duì)蝦的三種常見病原體:腸細(xì)胞隱孢子蟲(EHP)、傳染性皮下和造血組織壞死病毒(IHHNV)以及白斑綜合征病毒(WSSV),檢測(cè)限為101拷貝/μL DNA。在這項(xiàng)研究中,該團(tuán)隊(duì)還對(duì)DMF-LAMP方法進(jìn)行了特異性和真實(shí)樣品檢測(cè)能力的評(píng)估。特異性實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該方法在與大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、鼠傷寒沙門氏菌以及早期死亡綜合征(EMS)和對(duì)蝦血細(xì)胞虹彩病毒(SHIV)等水及水產(chǎn)品中常見病原體的交叉反應(yīng)測(cè)試中均無非特異性擴(kuò)增,表現(xiàn)出良好的特異性。在真實(shí)樣本檢測(cè)實(shí)驗(yàn)中,分別用DMF-LAMP法和qPCR商業(yè)試劑盒對(duì)58個(gè)蝦樣本進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果表明,DMF-LAMP方法與商業(yè)化的qPCR方法檢測(cè)結(jié)果高度一致,Kappa值在0.91至1之間,證明了該方法在實(shí)際應(yīng)用中的可靠性和準(zhǔn)確性。
圖2 DMF 芯片設(shè)計(jì)與制造:ITO玻璃上涂有疏水表面作為頂板,覆有疏水涂層的PCB基板被用作底板。在芯片組裝之前,底板上裝載了LAMP試劑并進(jìn)行了風(fēng)干處理。這兩個(gè)板之間夾著一個(gè)0.6 mm的間隔層用于液滴傳輸和LAMP反應(yīng) 該團(tuán)隊(duì)還提出一種基于RGB的圖像處理方法,利用智能手機(jī)在不同室外光照下獲得結(jié)果圖像,并且通過RGB分析,提出了一種簡(jiǎn)單的判讀方法,未來有望創(chuàng)建自定義的手機(jī)App,以實(shí)現(xiàn)大批量結(jié)果的快速自動(dòng)化分析。
圖3 基于RGB的圖像處理分析:(a)在DMF芯片上進(jìn)行包含中性紅的LAMP反應(yīng),并使用智能手機(jī)捕捉圖像。手動(dòng)選擇感興趣區(qū)域(ROI),并在ImageJ中測(cè)量ROI的平均RGB值;(b)根據(jù)在實(shí)驗(yàn)室LED照明下捕捉的圖像提取RGB值,比較陰性反應(yīng)(n = 120)和陽(yáng)性反應(yīng)(n = 120)的平均值;(c)由陰性和陽(yáng)性反應(yīng)RGB值計(jì)算得出的差值;(d)在不同照明條件下,繪制陰性(N-)和陽(yáng)性(P-)結(jié)果的R/G比和B/G比的圖表
該成果以“A digital microfluidic platform coupled with colorimetric loop-mediated isothermal amplification for on-site visual diagnosis of multiple diseases”為題,發(fā)表在英國(guó)皇家化學(xué)會(huì)期刊Lab on a Chip上。
總體而言,該研究建立的DMF-LAMP平臺(tái)在臨床、生物醫(yī)學(xué)、食品安全和環(huán)境等領(lǐng)域具有廣泛應(yīng)用前景,具有成本低、操作簡(jiǎn)單,檢測(cè)效率高等優(yōu)勢(shì)。未來將進(jìn)一步在該平臺(tái)上整合樣本處理如核酸提取等步驟,以實(shí)現(xiàn)“樣本進(jìn)-結(jié)果出”的一體化檢測(cè)。
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https://doi.org/10.1039/D2LC01156E
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原文標(biāo)題:數(shù)字微流控+比色法環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增,實(shí)現(xiàn)多種疾病的現(xiàn)場(chǎng)可視化診斷
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