8.2.LAMMPS實例

LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，大規(guī)模原子分子并行模擬器，主要用于分子動力學(xué)相關(guān)的一些計算和模擬工作。一般來講，分子動力學(xué)所涉及到的領(lǐng)域，LAMMPS代碼也都涉及到了。LAMMPS由美國Sandia國家實驗室開發(fā)，以GPL license發(fā)布，即開放源代碼且可以免費獲取使用，這意味著使用者可以根據(jù)自己的需要自行修改源代碼。LAMMPS 程序在模擬固態(tài)材料（金屬、半導(dǎo)體）、柔性物質(zhì)（生物分子、聚合物）、粗粒度介觀體系等方向具有廣泛的應(yīng)用。LAMMPS 程序內(nèi)置多種原子間勢（力場模型），可以實現(xiàn)原子、聚合物、生物分子、固態(tài)材料（金屬、陶瓷、氧化物）、粗粒度體系的建模和模擬。該程序即可以模擬二維體系，也可以模擬三維體系，可以模擬多達數(shù)百萬甚至數(shù)十億粒子的分子體系，并提供支持多種勢函數(shù)，具有良好的并行擴展性、模擬效率高、計算時間短等優(yōu)點。

分子動力學(xué)模擬（Molecular Dynamics，MD）是近年來飛速發(fā)展的一種分子模擬方法，已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于化學(xué)化工、材料科學(xué)與工程、物理、生物醫(yī)藥等科學(xué)和技術(shù)領(lǐng)域，起到越來越重要的作用。MD模擬用來研究不能用解析方法來解決的復(fù)合體系的平衡性質(zhì)和力學(xué)性質(zhì)，用來搭建理論和實驗的橋梁，在數(shù)學(xué)、生物、化學(xué)、物理學(xué)、材料科學(xué)和計算機科學(xué)交叉學(xué)科占據(jù)重要地位。

鴻之微科技（上海）股份有限公司在Device Studio 2021B中開發(fā)了適用于分子動力學(xué)計算軟件 LAMMPS 的計算模塊。使用Device Studio，用戶可在其圖形界面中方便快捷的搭建或?qū)胗嬎闼璧慕Y(jié)構(gòu)，并可在3D顯示區(qū)域查看其結(jié)構(gòu)的3D視圖。搭建好結(jié)構(gòu)后，用戶可在LAMMPS計算模塊，根據(jù)計算需要，在簡潔友好的界面中設(shè)置參數(shù)生成計算所需的輸入文件，之后連接裝有LAMMPS的本地電腦或遠程服務(wù)器進行相關(guān)計算，在計算過程中可實時監(jiān)測任務(wù)的計算狀態(tài)，計算完成后可對LAMMPS的計算結(jié)果進行可視化分析。

目前用戶可通過Device Studio生成LAMMPS以下計算輸入文件的生成：結(jié)構(gòu)弛豫、熱力學(xué)性質(zhì)（熱膨脹系數(shù)、體積熱容、等壓熱容）、輸運性質(zhì)（均方位移、速度自相關(guān)函數(shù)、熱導(dǎo)率）、力學(xué)性質(zhì)（楊氏模量、剪切模量）、淬火、退火模擬；結(jié)合OVITO軟件可對LAMMPS計算結(jié)果進行結(jié)構(gòu)特征數(shù)據(jù)分析。

以對金屬鋁沿X軸方向以一定的恒定應(yīng)變速率拉伸的形變模擬為例來詳細(xì)描述 LAMMPS 在Device Studio中的應(yīng)用。

8.2.1.LAMMPS計算流程

LAMMPS分子動力學(xué)計算在Device Studio中的流程如圖8.2-1所示。

圖8.2-1: LAMMPS計算流程

8.2.2.LAMMPS創(chuàng)建項目

雙擊DeviceStudio圖標(biāo)快捷方式啟動軟件，根據(jù)界面提示選擇創(chuàng)建一個新的項目（Create a new Project）或打開一個已經(jīng)存在的項目（Open an existing Project）的按鈕，選中之后點擊界面中的OK按鈕即可。若選擇創(chuàng)建一個新的項目，用戶可根據(jù)需要給該項目命名，如本項目命名為LAMMPS，或采用軟件默認(rèn)項目名。

8.2.3.LAMMPS導(dǎo)入結(jié)構(gòu)

在Device Studio的圖形界面中點擊File→Import→Import Local， 則彈出導(dǎo)入LAMMPS結(jié)構(gòu)文件的界面，根據(jù)界面提示找到Al_Rede.hzw結(jié)構(gòu)文件的位置，選中Al_Rede.hzw結(jié)構(gòu) 文件，點擊打開按鈕則導(dǎo)入Al_Rede.hzw結(jié)構(gòu)后的Device Studio界面如圖8.2-2所示。

圖8.2-2: 導(dǎo)入Al_Rede.hzw結(jié)構(gòu)后的Device Studio圖形界面

審核編輯：劉清