“普通的基因測序”應該是指“常規(guī)DNA測序”吧，是用Sanger法（也就是雙脫氧法）進行測序的方法，目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 進行的自動測序，基本上可以做到600bp-800bp的讀長。

高通量測序的概念其實是一個相對的概念，在2000年的時候，3700、MegaBace等儀器上的測序也是高通量測序，是相對手工測序或者跑平板膠來說的。

不過到2005年以后，高通量測序就改指第二代測序（Next generation sequencing），454、Solexa（后改為Illumina）和SOLiD等第二代測序，比3730等第一代測序的通量提高了成千上萬倍，甚至上億倍，所以稱為高通量測序。

NGS的特點主要有：

1、通量高。一個RUN能產生500Mb-600Gb的數據量。

2、讀長相對較短。454（約400-500bp），llumina（100-250bp），SOLiD（75-100）。

3、單位數據的成本非常低。現在很多項目測序的費用。已經非常低。生物信息分析成本變得更為重要了。

高通量基因測序是什么

測序方案建立在雙脫氧測序法（Sanger等，1977）的基礎上。為了從每一克隆插入片段兩端成對地進行測序，每一個質粒模板DNA板應配備兩個384孔循環(huán)測序反應板。測序反應采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1（AppliedBiosystems）和標準M13或常用正向引物和反向引物。測序反應通過BiomekFX（Beckman）移液操作工作站建立。機械臂負責等分模板試樣，起與反應液混合的作用，反應液含有雙脫氧核苷酸、熒光標記的核苷酸、TaqDNA聚合酶、序列引物和緩沖液。模板和反應板有條形碼，且在BiomekFX移液操作工作站上有條形碼讀取器跟蹤，確保模板和反應液轉移中沒有錯誤。

30～40線性擴增步驟連續(xù)循環(huán)在MJResearchTetrads或9700熱循環(huán)儀（Ap—pliedBiosystems）中進行。反應產物可以用異丙醇在室溫下高效率沉淀，4C下保存或懸浮在水中密閉保存。如果測序儀器正常，在掃描反應板的條形碼后，會自動為每一反應板生成一個樣品膜。然后將反應板移至一臺ABIPrism3700DNA分析儀或AppliedBiosystems 3730xiDNA分析儀上，進行電泳。現在的多聚體和軟件允許每天在ABIPrism 3700 DNA分析儀上進行8次電泳，在AppliedBiosystems 3730xlDNA分析儀上進行12次，調試時間少于1h。

平行運行大量工作的高通量測序設備通常需要通過實驗室信息管理和樣品跟蹤系統(tǒng)（1aboratory information management and sample tracking system，LIMS）（Kerlavage等，1993）進行自動化管理。在TIGR，這種系統(tǒng)包括從文庫構建早期經測序到結束的樣品跟蹤的整套軟件。經過這種處理，數據保存在Sybase關系數據庫表格中。

數據庫儲存和聯(lián)系在整個基因組測序流程中所收集的全部數據，允許使用者以各種方式回溯數據流，可從已經注釋的基因回溯到基因的原始測序跟蹤文件。這個系統(tǒng)包括樣品管理、數據輸入、文庫管理和序列加工的客戶端/服務器應用軟件。經過多年改進，并且結合新的實驗室方法、新型的儀器和軟件，這一系統(tǒng)已成熟穩(wěn)定。這些整合應用包括自動載體清除、確定和屏蔽重復元件、發(fā)現污染的克隆和跟蹤克隆及模板信息。

在測序流程中，生成的模板和序列的質量每天可通過用戶友好界面系統(tǒng)地監(jiān)控。這就保證了迅速發(fā)現并改正工作中的潛在問題。通常，質量控制和質量測評（qualitycontrol/qualityassessment，QC/QA）組共同應用質量檢測標準。他們負責檢驗和提供試劑給生產組，并在流程中檢測模板質量、調查失敗和偏離正常表現范圍的情況、監(jiān)控數據質量、審計、確定可改進的方面、制作控制文件（標準操作步驟），以保證這些文件具有格式上的一致性和技術上的準確性。

高通量測序的意義

高通量測序技術的誕生可以說是基因組學研究領域一個具有里程碑意義的事件。該技術使得核酸測序的單堿基成本與第一代測序技術相比急劇下降， 以人類基因組測序為例， 上世紀末進行的人類基因組計劃花費 30 億美元解碼了人類生命密碼， 而第二代測序使得人類基因組測序已進入萬（美）元基因組時代。如此低廉的單堿基測序成本使得我們可以實施更多物種的基因組計劃從而解密更多生物物種的基因組遺傳密碼。同時在已完成基因組序列測定的物種中， 對該物種的其他品種進行大規(guī)模地全基因組重測序也成為了可能。