在线观看www成人影院-在线观看www日本免费网站-在线观看www视频-在线观看操-欧美18在线-欧美1级

0
  • 聊天消息
  • 系統消息
  • 評論與回復
登錄后你可以
  • 下載海量資料
  • 學習在線課程
  • 觀看技術視頻
  • 寫文章/發帖/加入社區
會員中心
創作中心

完善資料讓更多小伙伴認識你,還能領取20積分哦,立即完善>

3天內不再提示

數據庫解決了在超級計算機的CPU上的進程安排問題

NVIDIA英偉達 ? 來源:英偉達NVIDIA中國 ? 作者:英偉達NVIDIA中國 ? 2020-06-30 14:39 ? 次閱讀
加入交流群
微信小助手二維碼

掃碼添加小助手

加入工程師交流群

在NVIDIA和Scripps Research的幫助下,橡樹嶺國家實驗室研究人員使用Summit超級計算機將搜索時間從數年縮短至數小時。

正在家中遠程辦公的Ada Sedova,有時甚至穿著睡衣。她利用世界上功能最強大的超級計算機來尋找一個微小的分子,這種分子可以阻止人們感染新型冠狀病毒。

橡樹嶺國家實驗室(Oak Ridge National Laboratory)的生物物理學研究員Sedova表示:“我比以往任何時候都做得更多。出于對大流行的擔憂,我將許多私人時間投入到這項工作中。”

通過她的辛勤付出,團隊最終在短短24小時內執行了20億次分子測試。

Sedova在尋求一個配位體,它是一種體積小于幾十個原子的有機分子。合適的配位體會將自身與冠狀病毒的蛋白質結合,從而阻止其感染健康細胞。

但問題在于,要檢查的配位體和蛋白質數量非常龐大,且它們的形狀會隨著原子力的變化不斷改變。在數十億種可能的化合物中找到合適的配位體仿佛大海撈針。

在濕實驗室(用于開展基于實驗藥劑的傳統實驗的實驗室)中將全部可能性嘗試一遍需要若干年的時間, 即使通過ORNL的超級計算機Summit上的9,216個CPU上將它們全部仿真,也需要四年時間才能完成。因此Sedova和她的同事們選擇裝備了27,648組NVIDIA GPU的 Summit超級計算機來加快工作速度。

他們最初使用的是AutoDock的OpenCL版本,這是一個用來模擬蛋白質和配體如何結合的開源程序,由斯克里普斯研究所和達姆施塔特大學合作開發。與CPU相比,運行在GPU上的OpenCL版本的處理速度提高了50倍。

CUDA切入正題

在NVIDIA和Scripps Research的幫助下,該團隊將代碼移植到CUDA,使其可以在Summit上運行,由此在原有50倍加速的基礎上,處理速度再次提升2.8倍。Jubilee Development的另一位研究人員Aaron Scheinberg發現,在使用OpenMP加速向GPU提供數據時,這項工作又實現了3倍增速。

對抗某一特定蛋白質的化合物數量可達14億種,另一項測試結果表明,他們可以在短短12小時內完成對這些化合物的高精度篩選。與運行在CPU上的程序相比,該速度提高了33倍以上。

GPU將處理包含14億個配位體的數據庫所需的時間減少了一個數量級以上, 他們還縮小了結果間差異,由此解決了在超級計算機的CPU上的進程安排問題。

她說:“GPU與Summit規模和體系結構的結合,將化合物對接能力擴充了數十億個。”

團隊的另一位成員,生物物理學家Josh Vermaas特別對NVIDIA團隊的Scott Le Grand幫助他們將AutoDock移植到CUDA表示感謝。Vermaas在關于工作開端的博客中寫到, “以前的平臺只支持OpenCL代碼,他的幫助對實現平臺性能提升至關重要。”

在24小時內模擬20億種化合物

Sedova相信,通過進一步改進,團隊可以實現將化合物檢測能力提升至24小時內20億種。對于數目如此龐大的數據,這將是在高分辨率下完成的首次模擬。

研究人員在實現這一里程碑式的成就過程中仍然面臨一些挑戰。

蛋白質-配位體對接的標準工作流程是一個緩慢的基于文件的流程。它可以在筆記本電腦上完成對數百種化合物的測試,但如此龐大的數據量即使交由世界上最大的超級計算機處理,計算機也會出現宕機的情況。

這是對那些希望幫助加速科學發展的開源開發者的號召。

Sedova的團隊正在領導這項工作,組建了一個新的工作流程,該工作流程有望安全地在Summit上啟動大量工作。她正在咨詢系統的I / O專家,并試圖建立一個數據庫來容納所有配體。

下一步是在Summit的4,608個節點中的108個上啟動約100萬種化合物的實驗。她說:“如果行得通,我們將在Summit的所有節點上啟動14億個化合物的大規模生產。”

聚焦搜索有希望成功的分子

如果該團隊成功,他們將向孟菲斯的研究人員發送一份約9000種最有希望成功的化合物清單,以便在濕實驗室中對真實的病毒開展測試。搜索范圍的縮小大大增加了配位成功的希望。

這個項目于今年開始,當時ORNL的頂級研究人員Jeremy C. Smith展示了使用Summit超級計算機進行藥物研究以對抗冠狀病毒的首個研究。目前項目仍處于初期階段。

展望未來,Sedova就橋接蛋白質-配位體領域與高性能計算的典型方法提出了更多想法,她也有足夠的精力去進一步探索。
責任編輯:pj

聲明:本文內容及配圖由入駐作者撰寫或者入駐合作網站授權轉載。文章觀點僅代表作者本人,不代表電子發燒友網立場。文章及其配圖僅供工程師學習之用,如有內容侵權或者其他違規問題,請聯系本站處理。 舉報投訴
  • gpu
    gpu
    +關注

    關注

    28

    文章

    4937

    瀏覽量

    131145
  • 超級計算機
    +關注

    關注

    2

    文章

    472

    瀏覽量

    42452
  • 數據庫
    +關注

    關注

    7

    文章

    3921

    瀏覽量

    66133
收藏 人收藏
加入交流群
微信小助手二維碼

掃碼添加小助手

加入工程師交流群

    評論

    相關推薦
    熱點推薦

    數據庫數據恢復—MongoDB數據庫文件丟失的數據恢復案例

    無法使用,報錯“Windows無法啟動MongoDB服務(位于 本地計算機 )錯誤1067:進程意外終止。”
    的頭像 發表于 07-01 11:13 ?135次閱讀
    <b class='flag-5'>數據庫</b><b class='flag-5'>數據</b>恢復—MongoDB<b class='flag-5'>數據庫</b>文件丟失的<b class='flag-5'>數據</b>恢復案例

    Blue Lion超級計算機將在NVIDIA Vera Rubin運行

    德國萊布尼茨超算中心(LRZ)將迎來全新超級計算機 Blue Lion,其算力比該中心現有的 SuperMUC-NG 高性能計算機提升了約 30 倍。這臺新的超級
    的頭像 發表于 06-12 15:39 ?379次閱讀

    NVIDIA技術賦能歐洲最快超級計算機JUPITER

    NVIDIA 宣布,搭載 NVIDIA Grace Hopper 平臺的 JUPITER 超級計算機成為歐洲最快超級計算機,其運行 HPC 和 AI 工作負載的速度是第二名的兩倍以上。
    的頭像 發表于 06-12 15:33 ?450次閱讀

    NVIDIA 宣布推出 DGX Spark 個人 AI 計算機

    的 DGX? 個人 AI 超級計算機。 ? DGX Spark(前身為 Project DIGITS)支持 AI 開發者、研究人員、數據科學家和學生,在臺式電腦對大模型進行原型設計、
    發表于 03-19 09:59 ?316次閱讀
       NVIDIA 宣布推出 DGX Spark 個人 AI <b class='flag-5'>計算機</b>

    數據庫數據恢復—Windows無法啟動MongoDB服務的數據恢復案例

    某單位一臺MongoDB數據庫由于業務需求進行了數據遷移,數據庫遷移后提示:“Windows無法啟動MongoDB服務(位于 本地計算機
    的頭像 發表于 02-13 12:44 ?311次閱讀
    <b class='flag-5'>數據庫</b><b class='flag-5'>數據</b>恢復—Windows無法啟動MongoDB服務的<b class='flag-5'>數據</b>恢復案例

    數據庫是哪種數據庫類型?

    數據庫是一種部署虛擬計算環境中的數據庫,它融合計算的彈性和可擴展性,為用戶提供高效、靈活
    的頭像 發表于 01-07 10:22 ?499次閱讀

    云端超級計算機使用教程

    云端超級計算機是一種基于云計算的高性能計算服務,它將大量計算資源和存儲資源集中在一起,通過網絡向用戶提供按需的
    的頭像 發表于 12-17 10:19 ?545次閱讀

    量子計算機與普通計算機工作原理的區別

    超越世界最強大的超級計算機,完成以前不可想象的任務!這意味著量子計算機可能會徹底改變我們的生活。 本文中,我們將先了解普通
    的頭像 發表于 11-24 11:00 ?1452次閱讀
    量子<b class='flag-5'>計算機</b>與普通<b class='flag-5'>計算機</b>工作原理的區別

    數據庫數據恢復—通過拼接數據庫碎片恢復SQLserver數據庫

    一個運行在存儲的SQLServer數據庫,有1000多個文件,大小幾十TB。數據庫每10天生成一個NDF文件,每個NDF幾百GB大小。數據庫包含兩個LDF文件。 存儲損壞,
    的頭像 發表于 10-31 13:21 ?689次閱讀
    <b class='flag-5'>數據庫</b><b class='flag-5'>數據</b>恢復—通過拼接<b class='flag-5'>數據庫</b>碎片恢復SQLserver<b class='flag-5'>數據庫</b>

    丹麥推出首臺AI超級計算機Gefion

    高效互連,確保卓越的計算能力和數據傳輸速度。 該超級計算機位于丹麥首都哥本哈根,旨在推動量子計算
    的頭像 發表于 10-29 15:13 ?802次閱讀

    NVIDIA助力丹麥發布首臺AI超級計算機

    這臺丹麥最大的超級計算機由該國政府與丹麥 AI 創新中心共同建設,是一臺 NVIDIA DGX SuperPOD 超級計算機
    的頭像 發表于 10-27 09:42 ?884次閱讀

    云端超級計算機怎么用

    云端超級計算機是一種基于云計算的高性能計算服務,它將大量計算資源和存儲資源集中在一起,通過網絡向用戶提供按需的
    的頭像 發表于 10-18 10:14 ?476次閱讀

    借助NVIDIA超級計算機加速量子計算發展

    科學期刊《自然》(Nature)本月早些時候發表一項研究,通過使用 NVIDIA 驅動的超級計算機,驗證量子計算的商業化途徑。
    的頭像 發表于 07-25 09:55 ?898次閱讀

    DRAM計算機中的應用

    DRAM(Dynamic Random Access Memory,動態隨機存取存儲器)計算機系統中扮演著至關重要的角色。它是一種半導體存儲器,用于存儲和快速訪問數據,是計算機主內存
    的頭像 發表于 07-24 17:04 ?2956次閱讀

    恒訊科技分析:sql數據庫怎么用?

    。 2、安裝數據庫軟件: 您的服務器或本地計算機上安裝所選的數據庫軟件。 3、配置數據庫服務器: 根據需要配置
    的頭像 發表于 07-15 14:40 ?631次閱讀
    主站蜘蛛池模板: 手机看片福利日韩 | 热久久影院 | 色女人网 | 亚洲精品成人在线 | 亚洲精品一区二区中文 | 四虎在线最新地址公告 | 1000部啪啪未满十八勿入 | 色爱区综合激月婷婷激情五月 | 四虎在线影院 | 伊人久久大香线蕉综合爱婷婷 | 国产免费一区二区三区香蕉精 | 正在播放淫亚洲 | 曰本aaaaa毛片午夜网站 | 欧美无遮挡国产欧美另类 | 色综合天天色综合 | 免费人成网址在线观看国内 | 午夜 福利 视频 | 波多野结衣在线免费视频 | 五月天免费在线播放 | 久久国产乱子伦精品免费强 | 亚洲 美腿 欧美 偷拍 | 在线观看视频一区二区三区 | 国产美女主播在线 | 国产69精品久久 | 奇米7777第四色 | 天天色天天搞 | 在线观看网站黄 | 色综合天天综合中文网 | 国产怡红院 | 痴女在线播放免费视频 | 欧美视频亚洲色图 | 亚洲黄色一区 | 亚洲一区二区三区电影 | 四虎黄色片 | 国产午夜视频高清 | 男啪女r18肉车文 | 天天操天天摸天天干 | 在线麻豆国产传媒60在线观看 | 人人舔| 国产小视频在线免费 | 久久久中文 |